2- ادارة بحوث الكيمياء غير العضوية:

والخاص بتحليل العناصر غير العضوية بما في ذلك المعادن الثقيلة وهو مزود بجهاز التحليل الطيفي باستخدام البلازماICP) ) وهو أحدث الأجهزة في مجال قياس المعادن الثقيلة مثل الرصاص والزئبق و الكروم في المياه العذبة والتي يمكن أن تمثل تهديدا لصحة الإنسان وعلية تم اختيار الجهاز الذي يمكن آن يرصد هذا النوع من المعادن مهما تضائلت تركيزاتها.

3- إدارة الأبحاث البكتريولوجية:

يقوم المعمل بالتحاليل الميكرو بيولوجية مثل الكشف عن دلائل التلوث البكتيري بأحدث التجارب المعملية مستخدما أسرع واحدث الطرق العالمية للحصول على نتائج خلال 24 ساعة, ومنها

كما يقوم المعمل بالكشف عن الفيروسات باستخدام أحدث الأجهزة PCR

4-إدارة الأبحاث البيولوجية:

بكتريا المجموعة القولونية البكتريولوجية
بكتريا البرازية السبحية
العدد الكلى للبكتريا
ييقوم المعمل بالفحص البيولوجي الكامل لعينات المياة مستخدما بذلك احدث الميكروسكوبات المزودة بوحدة التصوير التلفزيوني والمعدة ببرنامج خاص لعد وتصنيف الكائنات الحية الدقيقة, ومنها.
الطحالب
رصد الطفيليات
الكائنات الحية الدقيقة 
5- إدارة مراقبه الجودة والبيئة:

الذي يقوم بدوره الإشرافي على تقييم الأداء لكل من المحطات و المعمل الخاص بكل محطة.

وهى إدارة جديدة تم إنشائها حديثا في قطاع المعامل للإشراف على تطبيق كل معايير الجودة على التحاليل بما يتوافق مع المواصفة الدولية للايزو 17025 لسنه 2005. للوصول إلى أفضل كوب ماء يقدم للمواطن يطبق عليه كل معايير السلامة والصحة والجودة ابتداء من إحضار العينات مرورا بالإشراف على معايرة الأجهزة لضمان صحة التحاليل حتى إصدار النتائج وذلك عن طريق برنامج متكامل يبدأ من تكويد العينة باستخدام جهاز البار كود حتى استخراج النتائج إلكترونيا لضمان عدم حدوث أخطاء أثناء تبادل العينات
الاشتراك في برنامج متكامل مع الشركات الأخرى الحاصله على الايزو 17025 لتبادل عمل تحاليل مشتركه حتى نحصل على أفضل نتائج وتطبيق أحدث الطرق في التحاليل
ويتبع الادارة قسم لتجهيز واحضار العينات ومجهزباحدث الأجهزة اللازمة للقياسات إثناء الرحلة وحفظها في ثلاجات خاصه لضمان وصولها سليمة لدخولها المعامل لإجراء التحاليل عليها
تطبيق نظام GIS لجمع العينات الخاصة بالشبكة بأحدث الأجهزة لتعين الأماكن وسهوله متابعتها وحل المشاكل الخاصه بشكاوى المواطنين
الاشتراك مع المعامل المركزيه فى الاعداد للحصول على الايزو 17025 للوصول الى اعلى مستوى فى الاداء واتباع احدث الطرق والتقنيات للتحاليل للحصول على افضل النتائج

• وللمعمل المركزى دور هام فى
• 1- مراقبة مآخذ المحطات المختلفة .
  2- مراقبة مصادر المياه الخام والتي تشمل ترعتي المحمودية والنصر إلى جانب فرع رشيد .
  3- مراقبة شبكة المياه النقية لمدينة الإسكندرية وجزء من روافع الساحل الشمالي .
  4- تحليل وتقييم الكيماوي والمواد الخام المستخدمة في عمليات المعالجة .
  5- القيام بالأبحاث الخاصة بتطوير عمليات معالجة المياه وبحث مدى إمكانية تطبيقها عمليا .
  6- الاهتمام بمشاكل المستهلكين وذلك ببحث أسباب الشكوى والتغلب عليها .
  7- تطبيق برنامج مراقبة وتأكيد الجودة ( QC & QA ) على جميع التحاليل التي تجرى في جميع معامل الشركة.
  8- استخدام المعمل المتنقل لعمل المسح والتجارب الحقلية في حينه لمتابعة نوعية المياه وقد قامت شركة مياه الاسكندرية بالتعاون مع هيئة المعونة الأمريكية بطلب وحدة تجارب حقلية وقد تم توريد الوحدة فعلا .
  9 - ويخدم المعمل أسطول من العربات المجهزة بكل الأجهزة اللازمة للقياسات إثناء الرحلة وحفظها في ثلاجات لضمان وصولها سليمة لدخولها المعامل لإجراء التحاليل عليها .
  10 – يقوم المعمل المركزى بالتحليل للغير باجر مناسب تبعا لنوع التحليل .